Pri uporabi programa phpMyAdmin je povezava med vašim brskalnikom in strežnikom kodirana - enako kot pri uporabi spletne pošte ali pregledu statistike obiska spletnih strani. Enako stopnjo kodiranja uporabljajo banke v svojih spletnih bankah (programih, ki omogočajo upravljanje z vašim bančnim računom). Varna povezava se vzpostavi preden se prijavite v phpMyAdmin - s tem se tudi vaše uporabniško ime in geslo preko spleta pošljeta kodirano in s tem zaščiteno pred branjem.